함양 남계서원에는 우리나라에서 영주의 소수서원 다음으로 두 번째 지어진 서원이며, 일두 정여창선생을 주향으로 모시고, 동계 정온선생과 개암 강익선생을 배향하였다. 함양 남계서원은 1552년(명종 7)에 일두 정여창선생의 학문과 덕행을 기리고 지방민의 유학교육을 위하여 개암 강익을 중심으로 창건되어 1566년(명종 21)에 남계(灆溪)라는 이름으로 사액되었다.

1597년 정유재란으로 불타 없어진 것을 1603년(선조 36)에 나촌으로 옮겼다가, 1612년(광해군 4)에 옛 터인 지금의 자리로 다시 지어졌다. 남계서원은 경사의 지형조건을 활용하여 앞쪽은 강학공간, 뒤쪽은 제향공간으로 배치하여 전학후묘 서원의 형식으로 독창적인 건축양식의 기준을 마련하였고, 이후에 지어지는 서원의 구조는 대부분 남계서원을 모델삼았다. 함양 남계서원은 1868년 흥선대원군의 서원철폐령에도 훼철되지 않고 남은 47개 서원 중의 하나이며, 경상남도에서는 유일한 존속 서원이다.